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#与上述A-F 6模块对应，本地版的命令行操作示例如下
设定#A，LEfSe的数据格式。 详情请参阅format_input.py -h
指定#-c，class的行()必须指定)； -s，指定sub_class行(默认)；
#-u，指定subject_id行()默认值)； o，设置规范化值，默认值-1不执行标准化
#注：是版本问题。 可能找不到format_input.py命令。 可能是lefse-format_input.py
# python format _ input.Pyle fse _ test.txta _ lef se _ test.in-C1-S2-u3-o 100000
format _ input.Pyle fse _ test.txta _ lef se _ test.in-C1-S2-u3-o 100000
#B，LEfSe分析，详细run_lefse.py -h
#-l 2.0，将LDA得分的对数值的最低阈值设置为2
run _ lef se.pya _ lef se _ test.inb _ lef se _ test.RES-l 2.0
run _ lef se.pya _ lef se _ test.inb _ lef se _ test.RES-l 4.0
#备注：对于b的输出，可以选择从中删除不需要的(不显眼的)数据
(提高用c、d、e制图时的美
绘制#C，LEfSe得分值。 详情请参阅plot_res.py -h
#注：是版本问题。 可能找不到plot_res.py命令。 可能是lefse-plot_res.py
# lef se-plot _ RES.pyb _ lef se _ test.resc _ lef se _ test.LDA.pdf-- format pdf-dpi 150-- width 16
plot _ RES.pyb _ lef se _ test.resc _ lef se _ test.LDA.pdf-- format pdf-- dpi 150-- width 16
#D，绘制进化分支图，详情请参阅plot_cladogram.py -h
#注意：由于版本问题，可能找不到plot_cladogram.py命令。 可能是lefse-plot_cladogram.py
plot _ clad ogram.pyb _ lef se _ test.resd _ lef se _ test.clad ogram.pdf--格式pdf-- dpi 150
#E、省略单张图展示，直接用f绘制所有图
#F，描绘差异特征，详见plot_features.py -h
#注意：由于版本问题，可能找不到plot_features.py命令。 可能是lefse-plot_features.py
mkdir -p F_out
plot _ features.pya _ lef se _ test.inb _ lef se _ test.resf _ out/lef se _ test--格式pdf-dpi 200
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