今天给大家看阿尔法多样性指数分析的干货~
Question 1：什么是alpha多样性指数分析？
阿尔法多样性分析是微生物多样性分析的重要组成部分，主要关注局部均匀生境下物种多样性程度，对一个或多个样品进行物种丰度(Richness )和群落中个体分配均匀度(Eveness )两方面的研究。 苜蓿多样性指数主要包括Chao1、Ace、fzdsy、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等。
Question 2：alpha多样性指数的含义？
Richness-物种丰度
Ace指数-评价群落中OTU数量
利用chao1指数chao1算法估计样本中的OTU数；
fzdsy指数-估算样品中微生物多样性
Simpson指数-估算样品中微生物多样性
Pielou指数-估算均匀度
goods_coverage指数-评价测序结果是否代表样品中微生物的实际情况；
用 invsimpson指数和simpson指数同样可以评价物种多样性水平均匀的群落丰度
Question 3：如何不使用R实现alpha多样性分析？
编辑和他的小伙伴们开发了在线制图小网站——云图(https://www.cloudtutu.com/#/index，免费哦~ () )，操作步骤如下。
注册网站： https://www.cloud tutu.com/#/index (建议使用360或Google浏览器) ) )。
输入用户名和密码(编辑已经为大家填写了。 如果系统未提示可以添加文本末尾的二维码以添加和检索编辑人员，则可以输入验证码再登录。 不需要注册，直接使用。 不用担心隐私泄露。 不是很有诚意吗~
登录后，在工具栏(全部分析)中找到alpha多样性分析，点击进入
按画面右侧说明书或以下内容操作，可在2分钟内获取阿尔法指数表及箱线图的可视化图像
当然，我们开始行动吧~
step 1 上传数据
目前，平台仅支持上载. txt (以制表符分隔)文本文件或. csv文件。 (平台可以部分处理不合格的数据格式，但应尽量根据样本数据的格式调整数据，以便机器识别。)
a )准备数据矩阵)格式见样品数据，如微生物种类丰度表等)；
B )表中必须有表头和列名，每列为样本名称，每行为OTU、ASV等各种指标数据名称。
c ) txt )请提交以制表符分隔的文本文件或. csv文件。 操作方法是选择excel的全部内容(ctrl A )复制到记事本，保存记事本文件，然后单击“上传”按钮上传文件。
step 2 参数设置
3.1在界面右侧编辑分组信息：所有样品都需要分组，本网站支持在线修改组名。 有在线输入(方式1 )和手动粘贴(方式2 ) 2种方式。 (在绘制之前必须检查组名称。)
3.2筛选显示类型：根据需要选择自行使用的样品进行作图。 (如果不需要的话可以不填写)
3.3选择绘图类型：选择图形填充颜色
3.4横向选择：图形的横向或纵向设置
step 3 下载文件
单击转到开始绘图，然后单击下载以保存PDF格式的矢量图或多样性指数表。 您可以使用矢量图编辑工具编辑PDF格式的文件。
step 4 作图后处理
TUTU云平台提供PDF格式的矢量图像，可以使用矢量图像处理软件进行编辑和调整，包括文本字体、字符大小和图像分辨率。 图形处理软件和使用方法可以在扫描句子后的二维码中添加小编获取。
step 5 写作建议
xxxwasperformedontutoolsplatform (https://www.cloud tutu.com)，a free online data analysis website。
我尊敬的用户。 如果图云平台在你的科研中提供了一些帮助，我们希望你能在方法学或致谢中提到我们。 引用方法如下。 xxxxanalysiswasperformedontutoolsplatform 65https://www.cloud tutu.com)。 a free online data analysis website .目前，平台处于测试阶段，在使用中遇到问题或错误时随时欢迎编辑反馈。 你的反馈和建议是我们最大的动力。