fsl vbm统计分析总体步骤概述1 .准备数据1.1 T1数据格式1.2 Template_list查看数据2 .剥头皮： fslvbm_1_bet3 .数据分割生成模板： fslvbm _ list
先记录一下，有空再补全截图巴拉巴拉的。
总体步骤概述#重定向准备fsl reorient2stdco *.NII.gz # template _ list ls-1 * NII.gz template _ listslicesdir ` img lob `的FLV BM
(1)转换格式，转换为. nii
)2)方向调整
)3)将所有T1数据放在同一个目录下
1.2 Template_list template_list :标识用作计算模板的内容
查看数据2 .剥除头皮(fslvbm_1_bet fslvbm_1_bet -b默认设置fslvbm_1_bet -N拔下脖子后剥除头皮(#-f 0.3表示剥除几毫米头皮) 参考其他人的文献fslvbm_1_bet -N -f 0.3 -B 3 .数据分割生成模板： fslvbm _2_ template template-a template-n是第一步骤和第二步骤的fslvbm _ 2
fslviewtemplate _ GM _ 4d.NII.gzfslviewstruc/template _ 4d _ GM
# tocheckgeneralalignmentofmeangmtemplatevs.originalstandardspacetemplate.fsl view/opt/fsl/data/standard/tissue pre
4 .后处理(标准化、调制、平滑) fslvbm _3_ proc GM _ mod _ merg _ S3.NII.gz
所有受试者的平滑灰质密度值可以带到统计中。
5 .统计检验研究假设与设计：设计矩阵、比较矩阵。
randomise命令参数
-i统计对象(灰质浓度值文件) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) )。
-m mask (统计范围限制) ) ) ) )。
-o fslvbm (统计输出文件前缀) ) ) ) )。
-d设计矩阵(描述实验设计信息) ) ) ) ) ) ) ) ) ) )。
-t对比度矩阵(描述统计对比度信息) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) )。
记述-T -c等统计方法
-n 5000替换次数random ise-IgM _ mod _ merg _ S3.NII.gz-ofslvbm-MGM _ mask.NII.gz-d design.mat-t design.con-con
33558www.Sina.com/*(f检验)查看5.2结果。 FSLview显示—打开结果图卡0.95 (在FSLview中为卡0.95 ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) FSLview中的卡0.95 ) )
群集：群集- I统计信息图表-t(1-p阈值)-o输出结果
(内核数峰值坐标是保存每个内核的位置信息的nii文件) ) ) ) ) ) ) )。
新闻大脑区： fsl viewatlastool； atlasquery提取单个核团： fslmaths
fslmaths result_08 (保存各核团位置信息的nii文件(thr4-uthr4cluster04 ) 4号核团文件名)提取某个脑区的灰质密度值： fslmeantsfslmeants-IgM _ mmm