1 .读取第三部分记忆数据(基因差异表达情况)。
RM(list=ls () ) #魔术操作,一键清除~
load(file='deg.Rdata ' ) ) ) ) ) ) ) ) )。
是头部(deg )
德格
2 .设置阈值计算基因上调和下调的数量
不同阈值筛选出的差异基因数量不同,后续超几何分布检测结果差异较大。
logFC_t=1.5
DEG$g=ifelse(DEG$p.value0.05,' stable ',
ifelse(deg$logfclogfc_t,' UP ',
ifelse(deg$logfc-logfc_t、' DOWN '、' stable ' )
设定为输出(#P0.05输出stable,其中,logFC大于1.5时输出上升输出(UP ),大于-1.5时输出下降输出(DOWN ),均不为) stable ),增加一列g,上升
表(deg $ g ) )。
提出上调41、下调88
头(de )