文章来源：“分子动力学”公众号
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尝试所有可能的结合形式，并根据打分函数给每种形式打分排名。
对接的过程中会考虑如下因素：
形状互补
亲疏水性
表面电荷分布
两种蛋白质-蛋白质分子对接：
Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。
Flexible Docking 柔性对接–计算量大，可用软件少，且多为收费软件。
蛋白质相互作用常用对接软件
ZDOCK
GRAMM-X
输出值都为多个对接状态（根据能量高低排序，能量低的排名靠前）。结果可用VMD查看。
GRAMM-X的输出结果，即多个对接状态都保存在同一个PDB文件中。该PDB文件包含多个Frames，每个Frame为一个对接状态。保存输出结果中的某一个状态：在VMD main中选中当前的文件，右键Delete Frames，删去不要的那些状态，再右键 Save Coordinates，保存唯一留下的没删的状态。
对接后，ZdockA.pdb(receptor)的位置没有改变，ZdockB.pdb（ligand）产生了500个可能的对接结果，点“TOP 10 Predictions” 可下载前10个。如果要下载更多或全部500个，需要运行下面的JAVA插件。通常前10个状态就已经足够了。
PDBePISA: 蛋白质相互作用分析软件
输入的复合体应为一个PDB文件，其中不同的单体表示为不同的链（chain）。