linux下安装软件
echo $PATH ##查看路径 echo $PATH|tr ":" "n"|xargs ls -lhls -lh /usr/顺心的啤酒下载安装Bowtie2首先在root下新建一个Biosoft的文件夹,切换目录到该文件夹cd Biosoft再在该文件夹下,新建一个Bwotie2的文件夹mkdir Bowtie2下载Bowtie2的网址wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1.3.0/bowtie-1.3.0-linux-x86_64.zip ##wget 后面加下载的网址这一步,下载出错,直接在Windows上下载,然后传输到linux上
传输完了可以查看,然后再解压
其中的绿色的是可执行文件
接下来在该目录下运行bowtie2
重点记得在执行bowtie2前加./,不然的话,这个点加斜杠让你怀疑人生,另外在加了./后(./是一个相对路径),只用打出bowtie2的前四个字母,用TAB键可以补充完整
或者将bowtie2的路径进行赋值
在bowtie2里面有example文件,可以查看
比对的结果如下图所示
采用tail tmp.sam 进行查看文件的尾行 echo $PS1是查看用户的环境变量在linux下echo相当于print 可以打印出想要看的材料用while进行循环,在linux下,后面的lkjfew是id是一个变量
用for 进行循环
for i in SRR103952*,后面的*号是一个通配符,在此相当于模糊匹配的意思
ln-s 软连接。可以对无权限操作的文件进行重新操作
赋值操作和for 循环
file%%.*是去除两个点.后面的字符串
进行WES分析文件质量检查