我们在做真菌或者细菌的时候，一般都需要绘制一条生长曲线。我一般选择用冻干仪将菌丝冻干然后称量干重。
很多物种的生长都符合逻辑yydgb模型，这里就不过多讲解。直接上代码。
PS：这还是我本科写的代码，时隔两年翻出来用，好有年代感，怀念。
定义数据集：发酵时间为15天，也就是称量15次干重。
m
n
df
逻辑yydgb模型参数选择
公式：KN0exp(Rm)/(K + N0(exp(R*m) - 1))
可见，需要估计的参数有：K，R，N0
本次使用的deSolve包
一 估计参数的初始值
## 估计参数初始值
library(deSolve)
SS
K_start
R_start
N0_start
二 拟合函数方程
log_formula
formu
三 查看拟合方程的结果
summary(formu)
Parameters:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
K.alpha 0.585421 0.009304 62.92 < 2e-16 ***
R.scale 0.382174 0.024379 15.68 8.00e-10 ***
N0.alpha 0.129702 0.008803 14.73 1.72e-09
Signif. codes: 0 ‘’ 0.001 ‘’ 0.01 ‘’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.01577 on 13 degrees of freedom
Number of iterations to convergence: 0
Achieved convergence tolerance: 9.839e-06
参数的值都给出了。
四 绘制生长曲线
library(ggplot2)
ggplot(df,aes(m,predict(formu)))+geom_line()+
geom_point(aes(y=n))+
theme_bw()+
theme(panel.grid.minor = element_blank(),panel.grid.major = element_blank())+
scale_x_discrete(limits=c(0:15))+xlab("Fermentation days")+ylab("Dry weight of biomass (mg)")