Python获取互补序列的方法

本文主要介绍如何使用Python获取DNA序列的互补序列，包含两种不同的方法及其实现代码。

一、使用字符串替换实现

第一种方法是使用Python字符串的替换方法，将每个碱基与其互补碱基进行替换，从而得到互补序列。以下是实现代码：

def reverse_complement(seq):
    """
    :param seq: 输入的DNA序列
    :return: 返回互补序列
    """
    seq = seq.upper()
    complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
    rev_seq = seq[::-1]
    rev_comp_seq = "".join(complement[base] for base in rev_seq)
    return rev_comp_seq

该函数接受一个DNA序列作为参数，将其变为大写形式，并创建一个名为complement的字典，将每个碱基与其互补碱基进行映射。然后将DNA序列逆序，最后通过字符串替换，得到互补序列。

例如，给定序列“ATCG”，该函数将返回互补序列“CGAT”。

二、使用biopython库实现

第二种方法是使用biopython库的Seq模块实现，可以大大简化代码。以下是实现代码：

from Bio.Seq import reverse_complement

seq = "ATCG"
rev_comp_seq = reverse_complement(seq)
print(rev_comp_seq)

该代码块导入了biopython库中的reverse_complement()函数，并将“ATCG” DNA序列作为参数传递给该函数，返回其互补序列“CGAT”。

三、小结

本文介绍了两种Python获取DNA序列互补序列的方法，第一种方法使用字符串替换实现，相对比较繁琐，但不需要安装额外的库。第二种方法使用biopython库实现，可以大大简化代码。