盘古大神开天辟地之后，因为力竭而亡，他的身躯也为天地演化出生机来，其中骨骼化为山脉，眼睛成为日月，汗毛成为森林，血液成为江河，他的脊梁成为撑天之柱·不周山，他的灵魂一分为三，成为三清道祖，他的精血化为十二祖巫……。
按道理说这个世界是盘古大神开辟的，所以作为他的灵魂化身和精血的化身，三清祖师和十二祖巫都是继承者，三清祖师生来就拥有天大的气运，所以成为洪荒大地上的圣人至尊，独享洪荒上的供奉，而十二祖巫是盘古大神的肉身所化，所以天生就掌管着大地，繁衍出来巫族。
不过虽然巫族出身高贵和特殊，但是也是洪荒大陆上的第一批生灵，除了记忆传承中的先天优势，并不具备统领洪荒的能力。再加上鸿钧老祖讲道公开，最后紫霄宫中的三千客都拥有高深的法力，只有十二祖巫是肉身得道，并没有什么影响，可以说是寸步不前，于是被很多先天生灵追了上来，其中势力最大的就是妖族。
妖族占据天空，巫族总管大地，一切的浩劫都是从妖族皇者东皇太一的是个金乌太子惹起的。金乌是盘古大神左眼所化的太阳红孕育而生，天生就拥有高贵的血脉，先天的优势得以统领妖族，成就天庭，但是也因为其本身的特殊，不能随便临凡。
那一天是个金乌太子闲得无聊，于是降临大陆，造成了大量的巫族族人死亡，其中大巫夸父也被金乌围而杀死，从此激起了洪荒巫妖大战。在这场战争中，巫族十二祖巫用记忆中的传承，布下十二度天神魔大阵，召唤出了盘古真身；妖族采集洪荒灵宝，炼制成为三百六十星斗大阵，双方不想上下，打的难舍难分。
正是因为实力不相上下，所以才会有两败俱伤的结果，东皇神陨，上古妖廷破碎，无数妖族战死，从此退出了洪荒主流。而巫族十二祖巫战死十一个，留下的厚土祖巫也因为看破一切，身化六道轮回，巫族从此退守冥界。
不过有个疑问，既然十二祖巫和三清祖师同为盘古大神所化，为何在这场战争中没有出手帮助巫族呢？
原因很简单，盘古大神开天辟地本来就是顺应天道，三清祖师是其灵魂所化，自然秉承着他的意志，守护这方宇宙。而十二祖巫的来历却不同，因为他们并不是盘古大神的意志所化，而是因为盘古大神的恶念所化，和三清道祖拥有不同的目标。
如果说三清道祖是守护这宇宙的守护神，那么十二祖巫的目的就是重回混沌，而巫妖两族的没落，其实也是天道的意愿，从而让这宇宙的主流，人族登场。要不然巫妖两族存在，人族根本就没有立身之所。