奥斯曼帝国征服埃及后，埃及行省作为奥斯曼帝国的一部分，保留了独立的政治和文化身份，中央政府对埃及行省只保持名义上的统治。在奥斯曼帝国的宗主权下，埃及由当地的马穆鲁克军事派别统治。尽管马穆鲁克效忠于奥斯曼苏丹，但它始终没有放弃复辟旧王朝，恢复对埃及和叙利亚广大地区的控制。1520年塞留姆去世后，继任者苏莱曼登基面临的首要任务就是镇压马穆鲁克的叛乱，因为一些马穆鲁克认为，他们效忠的是作为征服者的塞留姆苏丹个人，而非他的王朝。
一、马穆鲁克贝伊的崛起16世纪末期到17世纪初，埃及政治生活的突出现象是马穆鲁克贝伊和军事埃米尔的崛起。布罗代尔认为，“奥斯曼帝国征服后，马穆鲁克骑兵依靠他们巨大的财产，很快重新掌握了主要权力。奥斯曼帝国苏丹更多的是同马穆鲁克骑兵妥协而不是征服。”据史料记载，共有24名贝伊担任一些重要的政府职位，具有较大影响力的贝伊是瑞德万贝伊(RidvanBey)。
埃及的统治实权向新马穆鲁克大贵族的方向倾斜，这些新马穆鲁克大贵族被称为贝伊(Bey)，他们作为整体称为“贝伊集团”(Beylicate)。根据奥斯曼帝国法令规定，埃及贝伊的数量不应该超过12个，然而至16世纪末贝伊的人数已经增加至三倍。有资料表明，1596年41名桑贾克贝伊领取了工资。16世纪80年代末，马穆鲁克军队的西帕希弓骑兵举兵起义。
西帕希弓骑兵主要活动于埃及农村，发挥收税人的作用。但这一时期由于薪俸的减少引起该阶层的普遍不满，1604年暗杀了易卜拉欣帕夏，继任者穆罕默德帕夏召集其余的军队和相当数量的贝都因人粉碎了西帕希弓骑兵起义，逮捕了约4000多名反叛者遣送至也门。1609年，穆罕默德帕夏镇压军事叛乱后决定重新整顿军队，裁减了具有极大影响力的贝伊数量，但是到17世纪中叶贝伊的数量又达到了40名。随着欧洲经济实力的增长和国家力量的崛起，世界形势发生深刻变化，奥斯曼帝国的海洋贸易地位日趋下降。
早在16世纪，奥斯曼人就开始与葡萄牙人争夺印度洋贸易的控制权。然而，在17—18世纪，荷兰和英国取代葡萄牙成为印度洋的主导力量，并控制了亚洲的贸易，黑海贸易被俄罗斯垄断，欧洲对亚洲贸易的控制使其在地中海建立了强大的霸权地位。甚至在奥斯曼帝国的国内市场，法国人也成为主导者，建立了他们自己的公司并利用自己对奥斯曼帝国的影响力，打破了奥斯曼商人和行会对当地经济的控制，进一步削弱了奥斯曼帝国的对外贸易和经济实力。
其结果是经济日益疲软造成中央国家机器的衰落和权力的下放，进而导致对行省控制的软弱与松散，埃及的马穆鲁克势力又开始呈上升趋势，来自伊斯坦布尔的帕夏往往形同虚设，奥斯曼苏丹在埃及的统治权力名存实亡。加之奥斯曼帝国对马穆鲁克统治上层的扶植，使其势力迅速膨胀，马穆鲁克与埃及帕夏的矛盾也十分尖锐。
1740年，阿里帕夏（1740-1741）任职时期，向强大的马穆鲁克贝伊和驻军官员保证，不会干涉他们的事务，并告诉他们，“我不是来挑起危机的”，“或者处决任何人，我只是代表帝国财政部来收税的，把粮食收进帝国粮仓”。这说明埃及的实权已经转移到马穆鲁克手中，帕夏只是苏丹名义上的代表，埃及的独立自主性进一步增强，逐渐摆脱了奥斯曼帝国两个世纪以来的被动统治，马穆鲁克贝伊力量再次崛起，并试图自主地与欧洲建立贸易联系。
二、阿里贝伊的重新掌权1760-1762年阿里贝伊(AliBey)率兵起义，试图恢复马穆鲁克在埃及的统治。阿里贝伊曾因击败贝都因人而被人熟知。1760年获得政治权力后开始组建自己的马穆鲁克家族政治，并派遣探险队到阿拉伯、叙利亚和巴勒斯坦地区以挑战奥斯曼帝国的权威。阿里贝伊对前任马穆鲁克势力固守传统的骑兵作战方式并不认同，反对他们骄傲自大地认为马穆鲁克在军事科学领域没有什么可以向外人学习的思想观念。他第一次雇佣了欧洲军事顾问来改进埃及的火炮，学习先进的军事技术和作战方式，并下令埃及港口向欧洲商业开放，征收赋税，鼓励发展商业，扩大与欧洲基督教世界的贸易交往。
从这个角度来看，阿里贝伊是第一个试图与西方商人合作进而按照西方模式推行改革的埃及统治者。1768-1773年俄土战争爆发，阿里将数百名俄罗斯战俘带回埃及，接受割礼，使其皈依伊斯兰教，并被编入马穆鲁克军队。在他的努力下，埃及的马穆鲁克军队得以复兴，通过招募雇佣兵、贝杜因人和地方辅助部队，将军队规模扩大到25000人。
1769年阿里贝伊获得埃及实权，宣布脱离奥斯曼帝国“崇高的阁下”而独立，标志着马穆鲁克埃及的再崛起。因此，1760-1798年在埃及历史上也称作“新马穆鲁克时代”。但阿里家族内部冲突不断，马穆鲁克军队也为争夺埃及的统治权而兵戎相见，加之缺乏民众支持，阿里于1773年遇害。接任的是艾卜勒·宰海卜贝伊，奥斯曼苏丹授予其帕夏的爵号，说明帝国承认马穆鲁克有晋升奥斯曼总督的权力。阿里贝伊的崛起和统治埃及的时间短暂，但却揭露了奥斯曼帝国地位的脆弱性以及帝国势力每况愈下。
1786年奥斯曼苏丹派遣海军上将哈桑帕夏率领一支舰队前往亚历山大港收取阿里贝伊和宰海卜贝伊时期未上缴的埃及贡品，此时埃及的两位马穆鲁克贝伊穆拉德和易卜拉欣帕夏试图抵抗哈桑帕夏的军队，但被击败。哈桑帕夏统治埃及后进行了一系列行政改革，限制埃及马穆鲁克在伊斯坦布尔奴隶市场进行贸易，迫使马穆鲁克不得不转移到其他地区，但随着俄罗斯帝国在高加索地区的影响力逐渐扩大，大大减少了该地区的奴隶数量，进而削弱了马穆鲁克军事实力，并重新对基督徒和犹太人施加社会限制。
穆拉德和易卜拉欣贝伊曾试图多次将其驱逐出埃及，但都以失败而告终。1787年俄土战争的爆发使得哈桑帕夏返回伊斯坦布尔，他将埃及的控制权交给了伊斯梅尔贝伊，伊斯梅尔控制埃及了埃及直至1791年他去世之后，穆拉德和易卜拉欣帕夏又恢复了对埃及的控制直至1798年拿破仑入侵。
在奥斯曼帝国统治埃及的近三个世纪的时间里，马穆鲁克不断挑战奥斯曼帝国统治者的权威，至18世纪末期，他们再次成为统治集团，只是名义上承认奥斯曼帝国的主权。19世纪中叶，俄罗斯征服了传统的马穆鲁克招募区导致马穆鲁克兵源减少，特别是阿里启动现代化改革后，动摇了马穆鲁克的统治根基，最终结束了埃及马穆鲁克的统治。
总之，作为帝国行省，埃及的政治局势变迁受帝国兴衰的影响很大。在奥斯曼帝国统治埃及的近3个世纪里，埃及的政治局势变迁主要分为三个阶段：
一是16世纪初期，这一时期正处奥斯曼帝国权力顶峰，埃及由奥斯曼苏丹任命的帕夏实行代理统治，并在奥斯曼帝国有效的统治下维持着和平稳定的状态。
二是17世纪后，随着奥斯曼帝国总体经济实力下降和帝国治理普遍衰落，军队的统治开始不受控制，奥斯曼苏丹愈发难以维持他们在埃及的统治，可以说整个时期是埃及帕夏式微的历史时期。
三是18世纪开始，奥斯曼帝国统治继续江河日下，埃及新兴力量登上政治舞台，埃及帕夏只是帝国苏丹名义上的代表，埃及的实际统治权转移到新崛起的马穆鲁克贝伊家族手中，直至1798年拿破仑占领埃及，马穆鲁克在埃及的统治根基开始发生动摇，奥斯曼帝国在埃及的统治由于后来阿里崛起呈现出新特点，埃及历史进入到反对西方殖民统治的新历史时期。