在事业单位分类改革中，乡镇卫生院是唯一一个被划分为公益一类的差额事业单位。差额事业单位具备一定的生产经营职能，在事业单位分类改革中，部分职能可能由政府购买服务代替，或者是可以由市场配置资源的单位，是典型的公益二类事业单位。但是，由于乡镇卫生院承担的新农合、分级诊疗等基础性公共卫生服务，又是典型的公益一类事业单位属性。公益一类事业单位，就是指承担基础卫生、教育、文化、科研等公益服务的事业单位，这也是事业单位今后的主要职能和存在模式。
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在全国范围内，也有做大做强的乡镇卫生院，名医云集，患者如云，赚得盆满钵满。但是，绝大多数乡镇卫生院，都是经营状况不佳，医务工作力量弱，只能看一些小病，做一些简单的治疗，受县市省医院及各类私营医院的冲击较大，留不住人才，留不住患者，要靠财政拨款才能维持基本运转。
乡镇卫生院是差额拨款事业单位，根据经营状况，确定拨款比例。经营收入状况差的，99%也叫差额拨款；经营状况良好的，5%也叫差额拨款，其性质是一样的。财政拨款部分，除了基础建设、设施配备维护外，主要是每年的人头经费和工资待遇。由于乡镇卫生院多少都有些经营收入，因此，相对于其他事业单位来讲，所需要的经费和工资都有财政兜底，反而卫生院的经营收入，可以作为绩效和奖金，其待遇反而比其他事业单位人员略高。
根据2017年《事业单位分类改革方案》规定，在2020年底以前，县级以上公立医院会取消编制，只保留事业单位属性，实行编制备案制管理，实现同工同酬，增强专业技术人员的合理流动性。县中医医院也会参照改革，而社区卫生服务中心、妇幼保健站、卫生防疫中心、疾控中心等医疗服务单位，剥离经营职能，将公益服务职能随同其他事业单位，整合成立“ 社会综合服务中心”，成为全额拨款的事业单位。乡镇卫生院继续保持差额拨款事业单位的性质，发挥基础医疗卫生职能。
创意配图：事业编制
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