试运行阶段，全线网每座车站均有2台进站闸机和2台出站闸机支持乘客使用移动支付方式过闸。在2018年3月底前，杭州地铁将实现全线网所有闸机支持移动支付过闸。
首次使用手机二维码刷码过闸需要先领卡。领卡后乘坐地铁时，打开手机杭州地铁官方APP，在首页点击“乘车码”；或打开支付宝APP，在首页点击“付钱”，页面底部选择“乘车码”，将乘车二维码对准地铁闸机扫描口，扫码进站；用同样的方法扫码出站。
如果乘车当日只有进站记录而无与之匹配的出站记录时，系统将会把单边交易推送至乘客的手机客户端，由乘客在3日内补齐完整的交易记录，逾期未操作，将按线网最高票价进行扣款。