主要区别是，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、海口站
位于海南省海口市秀英区粤海大道。
二、车站规模不同
1、海口站
建筑面积：2.4845万平方米（截至2003年）。站台规模：5台9线（截至2015年11月）。
2、海口东站
建筑面积：9889平方米（截至2010年8月6日）。站台规模：4站6线（截至2010年11月25日）。
三、主要线路不同
1、海口站
主要线路：粤海铁路、海南东环铁路。
2、海口东站
主要线路：海南环岛铁路。
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