区别如下：
1、车站等级的区别：海口站为耳机站，海口东站为一等站，美兰站为客运站无等级。
2、停靠站的区别：海口站是综合型车站，停靠客车，货车，动车，海口东站停靠动车，美兰站是地下火车站，停靠客运车。
3、站台规模的区别：海口站四个硬座候车室和一个软座候车室。已铺设9条铁轨，其中，6条为货运，以满足货物进出岛的需要，海口东站是东环高铁（动车）与公交的枢纽站，美兰机场站是海南东环铁路的一个客运站。美兰机场车站属于地下车站，分为上下两层。
4、所属路线的区别：海口站是粤海线路，海口东站是海南东环线路，美兰站是，机场线路。
5、始建的区别：海口站2004年12月5日，海口站正式办理客运业务，海口东站于2009年7月30日动工，2008年5月2日，东环铁路美兰机场站正式开工。
位置如下：
1、海口站就是海口火车站，在秀英港，是所有进出岛的火车停靠的车站，也有少量动车。海口站去海口东站之间可以坐公交换乘。
参考资料来源：网络-海口站
参考资料来源：网络-海口东站
参考资料来源：网络-美兰站