1. MAFFT 简介
最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee)，比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW)。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。
2. MAFFT 下载安装$ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-gcc_fc6.x86_64.rpm
$ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-src.tgz
$ cd mafft-7.158-without-extensions/core
$ perl -p -i -e 's#PREFIX =.*#PREFIX = /opt/biosoft/mafft#' Makefile
$ perl -p -i -e 's#BINDIR =.*#BINDIR = /opt/biosoft/mafft/朴实的电话/#' Makefile
$ make
$ make install
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/mafft/朴实的电话/' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
检测软件是否正确安装$ cd ../test
$ rehash # if necessary
$ mafft sample > test.fftns2 # FFT-NS-2
$ mafft --maxiterate 100 sample > test.fftnsi # FFT-NS-i
$ mafft --globalpair sample > test.gins1 # G-INS-1
$ mafft --globalpair --maxiterate 100 sample > test.ginsi # G-INS-i
$ mafft --localpair sample > test.lins1 # L-INS-1
$ mafft --localpair --maxiterate 100 sample > test.linsi # L-INS-i
$ diff test.fftns2 sample.fftns2
$ diff test.fftnsi sample.fftnsi
$ diff test.gins1 sample.gins1
$ diff test.ginsi sample.ginsi
$ diff test.lins1 sample.lins1
若 diff 的结果不换回异常，则正确安装。
3. MAFFT 使用
MAFFT 有一些参数，适合不同情况下的多序列比对。
软件输入为 FASTA 格式，默认输出到标准输出。
3.1 较为精确的方法
L-INS-I
最准确的方法。适合于 <200 条序列，且序列长度 output]
$ linsi input [> output]
G-INS-I
适合于序列长度相似的多序列比对。序列条数 <200, 序列长度 output]
$ ginsi input [> output]
E-INS-I
适合序列中包含较大的非匹配区域。序列条数 <200, 序列长度 output]
$ einsi input [> output]
3.2 节约速度的方法
FFT-NS-I
减少迭代次数，最大迭代次数减为 2 。$ mafft --retree 2 --maxiterate 2 input [> output]
$ fftnsi input [> output]
FFT-NS-2
最大迭代次数减为 0 。$ mafft --retree 2 --maxiterate 0 input [> output]
$ fftns input [> output]
FFT-NS-1
此方法非常快速，适合 >2000 条序列的多序列比对。$ mafft --retree 1 --maxiterate 0 input [> output]
NW-NS-I
迭代过程中不进行 FFT aproximation$ mafft --retree 2 --maxiterate 2 --nofft input [> output]
$ nwnsi input [> output]
NW-NS-2$ mafft --retree 2 --maxiterate 0 --nofft input [> output]
$ nwns input [> output]
NW-NS-PARTTREE-1
3 个参数都设置为最不消耗时间的类型，适合于 ~10,000 到 ~50,000 条序列的比对。$ mafft --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree input [> output]
原文来自：http://www.chenlianfu.com/?p=2214