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文献阅读法(文献阅读)

时间:2023-05-03 06:46:17 阅读:97934 作者:319

每个研究者都离不开文学。

想知道研究进展和趋势吗?找理论依据?想获得实验设计的灵感吗?去读文学吧!

在硕士研究生三年的研究生活中,我在阅读文学方面走了很多弯路,比如我花了很多时间阅读文学,收效甚微;反复看了一个文档,忘记了,管理不了,甚至不知道怎么命名。

不过好在在这个过程中,我找到了一套自己习惯的文学阅读方法。今天笔者就在这里分享一下自己的经历。

如何高效阅读文献?

先读《摘要》。

摘要是文章的精华,它包含了文章最基本、最全面的要素,是整篇文章的总览。在这里你可以了解到文章的背景、方法、结果和结论。

大部分文献摘要采用三阶段结构,使阅读更清晰。下图清楚地告诉你文章的结构。看看背景和结论就知道要不要继续读了。

图片:文档截图

对于段落,你可以逐字读,也可以只读段落末尾的结束语。

再次阅读简介

引言段落的内容基本固定。

总的来说,笔者会在第一、二段讲这个题目的背景,是一些概念性的内容,也就是这个问题的由来。

在倒数第二段,笔者将谈一谈这类研究的现状,先肯定它,再指出哪些问题没有解决,并由此引出,本研究的动机,为什么要做这个实验,以及本研究的意义是什么。

最后一段是关于作者想做什么,怎么做,得出什么样的结论。

对于单纯增加知识储备的同学来说,不如把握全局,而不是深究细节。我们读的这段文学作品,往往注重逻辑和推理,有着严密的提纲。

这里有一个技巧。注意每段的第一句话。这句话往往是这一段的中心句,其余的话都围绕着这句话。因此,很多无用的信息可以通过,节省了很多宝贵的时间和精力。

对于我们这些想从阅读文章中获得灵感的人来说,除了找到引言段落的中心句之外,还需要仔细阅读最后一段。这时,注意信息词。当你看到一些单词时,你可以猜到他以后会说什么,这可以大大加快阅读速度。

比如,当你看到“怎么样”、“但是”、“尽管如此”、“即使”这样的转折性关键词时,你就不得不思考作者之前想说什么。“在这项研究中”告诉你这项研究的实验方法;“我们发现的”、“证明的”和“我们的数据已经显示的”一般都是这项研究的结果。

图片:文档截图

看完简介,应该知道这项工作的出发点和我们要解决的问题。换句话说,看完Introduction,你应该已经理解了这篇文章的一大半,剩下的大部分都是细节和技术问题,以及作者如何用实验来圆他们画的“大饼”。

阅读结果图表

通过阅读摘要和简介,你知道作者可能在做什么。这时候直接去结果的图表和笔记,可以在摘要的基础上获得更直观更丰富的信息。

图是补充摘要最有效的手段,好的图抵得上一长段。

首先要了解实验结果,然后要了解作者大概用了哪些技术来支持自己的观点。如果自己设计,会考虑的这么全面吗?

如果文献与你的主题有很高的相关性,你可以考虑是否可以用同样的实验方法来验证你的假设。

如下图所示,医学生应该一眼就知道作者在做什么,大概用的是什么实验方法。

图片:文档截图

看材料方法

如果你在阅读《结果》的过程中发现一个你想做的实验,或者你想用同样类型的图来表达你的结果,那就要仔细看《材料法》。

s,看看这个实验的细节部分,然后根据别人的操作来设计自己的实验。

看 References

最后我要说一下我觉得很有用的、每次都能发现新大陆但很容易被大家忽略的部分:References。

文献的 references 可能包含不少你感兴趣的相关文献,可以按照以下原则筛选下做延伸阅读。

选择近期发表的文献,一般是近五年内的文献。这么做的原因有几个,首先学术界日新月异,某些问题两年前值得讨论,两年后也许就过时了。

其次,哪怕这个问题没有过时,新文献也会将这个问题回顾一番,按图索骥它不香吗?相信我,除非是特别有名,引用率极高的文献,尽量还是找新的来读。

找和自己研究课题吻合度高的文献。对于此类文章,我们可以学习作者实验设计的思路,学习讲故事的方法…..

实例解析

最后我们以 2021 年发表于《Cell》上的一篇文章为例,复习下今天的内容。

图片来源:文献截图

首先找到总结性句子:

Our study provides insight into how cancer cells use a developmentally conserved mechanism to drive the DTP state, pointing to novel therapeutic opportunities to target DTPs.

这篇文章是研究肿瘤细胞如何利用发育保守机制来驱动耐药持久性状态(DTP),从而为攻克癌症提供了新的思路和方向。

这时候我们获得几个关键词:DTP,发育保守机制,耐药发展。

图片来源:文献截图

接下来我们看 Introduction。

本文的 Introduction 有三段,第一段是 DTPs 的背景介绍。

topic sentence 是:「DTPs represent a potential therapeutic opportunity prior to development of classic irreversible genetic mutation-driven drug resistance.」

即在典型的不可逆基因突变驱动耐药发展之前,DTPs 代表一个潜在的治疗机会。

第二段引入了「滞育」的概念。

topic sentence 是:「Given that DTPs represent a non-genetic reversible state cancer cells enter to survive the harsh environment created by chemotherapy, we questioned whether tumors are hijacking an evolutionarily conserved survival strategy.」

即鉴于肿瘤细胞的这种「休眠」模式与哺乳动物的胚胎滞育相似,因此作者猜想,肿瘤细胞,尤其是 DTPs,是否进入这种胚胎存活状态,以在化疗产生的应激环境中存活下来。

第三段作者描述了他们将用什么实验来证明他们的猜想。

看完 Introduction 后,我们了解到这篇文章的出发点是研究 DTPs,并想找寻其与发育保守机制——滞育之间的关联,从而应对化疗耐药性提供了一个新的方向。

接着我们将目光转到 Results 的 Figure。

通过阅读标题和图注,我们得到信息:

第一部分作者建立生成 DTP 状态的肿瘤模型,证明这些肿瘤细胞增殖减缓,且经历 DTP 状态后重新生长的肿瘤细胞仍对化疗敏感(Fig.1)。DTP 状态的肿瘤无遗传异质性的丧失,且化疗敏感性仍存在(Fig.S3)。

高复杂性慢病毒条形码、克隆动力学、克隆生长的数学模型等实验结果显示所有肿瘤细胞都具有成为 DTP 的相同能力(Fig.2)。

Fig.1(左)Fig.S3(中)Fig.2(右)

第二部分作者进行了 RNA-seq 和 GSEA 基因集富集分析,表明化疗诱导的 DTP 与胚胎滞育具有广泛的转录相似性即滞育样 DTP 状态(Fig.4)。同时证实滞育样 DTP 状态细胞处于分裂缓慢的状态,从而以应对化疗压力(Fig.5)。

Fig.4(左)Fig.5(右)/图片来源:文献截图

接着在第三部分作者探讨了 DTP 形成的具体机制。作者做了 WB、PCR、流式分析及 RNA-seq 等实验,得出了结论:与滞育囊胚类似,滞育样 DTP 状态通过自噬途径维持(Fig.6)。

Fig.6/图片来源:文献截图

第四部分是作者对滞育 DTP 临床意义的探讨。通过对数据库分析及绘制生存曲线得出结论:滞育基因特征及自噬水平与预后相关,提示可针对类滞育 DTP 状态耐药肿瘤,开发新的治疗策略(Fig.7)。

Fig.7(图片来源:文献截图)

通过阅读 Results 的 Figure,我们可以更详细地了解此篇文章的思路。如果你对哪一部分比较感兴趣,可以仔细阅读具体内容。

鉴于篇幅有限,后面的内容就不一一展开了,有兴趣的同学可以自行下载研究呀 ~

以上就是我阅读文献的一些心得体会,希望大家可以通过今天的文章,摸索自己阅读文献的小技巧,比心。

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