在朱元璋建立明朝之后，就对东北地区进行了治理，特别是奴儿干地区，该地位于黑龙江下游恒衮河口汇合口东岸的特林地区，原为元代东征元帅府。而朱元璋之所以会对此地有如此的关注主要还是因为该地的许多顽固势力还未被清除，特别是元朝残留的势力。
一直到洪武二十年纳哈出被明军打败，其他势力投降于明朝，朱元璋就让锦衣卫指挥达尔麻失里带着白金和绸缎去赏赐他们，而达尔麻失里也成为了明朝第一个到奴儿干地区的官员、等朱棣上位后，海西女真、建州女真和野人女真都依附明朝，明朝也成功在建州设立建州卫，海西设立兀者卫。永乐二年奴儿干头目朝贡，遂于黑龙江口特林地区设立奴儿干卫。
之后明朝就可以在奴儿干驻军，“间岁相沿领军”，驻军的人数也不一定，多的时候有三千人，少的时候就是五百人，为期两年。
为了能够更好地管辖当地，明朝还要任命官员使奴儿干都司启动和运转，由职方清吏司管理（职方清吏司是古代官署名，明、清时期兵部下设的机构，主要负责武职官的舆图、叙功、核过、赏罚、抚恤及军旅之简阅、考验等事，并管关禁与海禁），永乐七年设立了奴儿干都司后以都指挥同知为最高官员，康旺接管，宣德二年康旺升为都指挥使，天顺六年七月，康旺之子显袭都指挥同知，成化年间奴儿干都指挥佥事佟显之子佟镇袭为都指挥使，由此可看出，奴儿干都司官员虽然名义上是流官，但却是可以世袭的。
而明朝对当地的治理多是采用因地制宜的方法，不改变他们原有的制度和生产生活方式等，当然这个需要当地遵守大明法律的前提，要是伤害朝廷命官或者意图谋反这种基本上都是没好下场的。
当然这个也要看情况，比如弩尔哈齐这种朝廷根本无法掌控，更别说惩戒了。