1924年北京，九岁的小豆子被母亲送进关家戏班，在戏班里，小豆子和大师兄小石头相依为命。
十年间，小豆子和小石头在关师傅严厉的训导下，小石头取艺名段小楼，演生角，小豆子取艺名程蝶衣，演旦角。师兄弟二人红极一时，合演的《霸王别姬》誉满京城。
程蝶衣演虞姬时迷恋霸王，生活中也忘了自己是在演戏。段小楼娶了妓女菊仙为妻，程蝶衣悲痛欲绝，决定不再与小楼合演《霸王别姬》。
在关师傅的训斥下，二人再度合作。
抗战胜利，国民党以汉奸之名抓走了程蝶衣。为救程蝶衣，小楼和菊仙四处奔走。蝶衣幸免于难，但由于误解，二人再度分手。
“文化大革命中”，段小楼和程蝶衣被打成了牛鬼蛇神，受逼迫相互揭发。菊仙无法承受小楼的背叛，上吊自尽。
打倒“四人帮”后，师兄弟二人在分离了22年的舞台上再次合演《霸王别姬》，戏中虞姬唱罢最后一句拔剑自刎，现实中程蝶衣在段小楼的怀中结束了生命。
本片感情强烈、情节曲折、充满生生死死的戏剧冲突，并邀请几位大明星出演，具有很强的商业色彩，同事蕴含着深刻的文化内涵。影片在延续人文思考的同时，也开始注重流畅的影像叙事和戏剧化的故事情节。香港影评界评价此片“通俗中见斑斓，曲高而和者众”，相当中肯。
西方影评人认为此片深刻挖掘中国文化历史及人性，影像华丽，剧情细腻。而对于熟悉中国传统文化的中国观众来说，此片的内涵更有丰富，历史深度极具张力。
它是通过京剧演员的个人遭遇、命运变幻来看人生演变、世态炎凉。它基本上是一个人生故事，讲一个没法将人生与戏曲区分开来的浪漫理想主义者的悲剧。
在《霸王别姬》的文化视野中，首先要阐释的是程蝶衣戏剧理想与生活困惑的矛盾。程蝶衣的悲剧根源在于他企图根据戏剧的理想来安排自己的人生，从而陷入与现实格格不入的幻梦之中。段小楼并不漠视师兄弟的情谊，但他清醒的区分戏剧情境与现实人生的界限，菊仙的出现，使段小楼的人生更趋于世俗化。三个人物的戏剧纠葛，环绕着理想化人生与世俗化人生的轴心旋转。事实上，影片所包含的不仅仅是一个理想主义者的悲剧，在其影像和叙事的表层之下，所隐含和蕴藏着的乃是文化与生命之间的深层认识。
当程蝶衣唱出“我本是女娇娥”的那一刻，他的个体生命已经不复存在了，他已经成为一个京剧的傀儡，或者说京剧已经吞噬了他的生命。